芯片法检测下呼吸道感染性疾病病原体的价值
下呼吸道感染是临床常见的呼吸系统严重的感染性疾病,是目前导致人类死亡的四大主要原因之一[1],不能及时获得正确的诊断和治疗是导致其病死率居高不下的主要原因。传统的病原体分离培养法是诊断下呼吸道感染的“金标准”,但其存在培养时间长、敏感性低、对苛养菌漏检率高等缺陷[2],不能满足临床对感染的快速诊断需要。近年来生化及免疫学检验领域的发展对下呼吸道感染性疾病的快速诊断起到了良好的推动作用,但这些检查方法仍存在敏感性低和特异性不高等缺点[3]。分子生物学技术因高效、特异和敏感等特性已被广泛应用于临床对多种疾病的诊断中。作为分子生物学技术的代表性方法,聚合酶链反应(PCR)技术可快速鉴定病原体,且多重PCR技术可以对多种病原体同时进行筛检[4]。然而,PCR检测需要分子生物学实验室配备高度精密的仪器,价格昂贵,而且操作复杂。近年来出现的一种新的核酸检测方法——环介导恒温扩增(LAMP)芯片法,可同时检测13种病原体,其特异性强、敏感性高,检测快速准确、操作简单,对技术水平要求相对较低,所需实验器材简单,被广泛应用于感染性疾病的诊断中。本研究旨在通过对疑似下呼吸道感染病人的深部痰液及肺泡灌洗液标本进行LAMP检测,评价该方法的临床应用价值。
1 材料与方法
1.1 标本及其来源
研究对象为2017年1—12月在我院就诊的疑似下呼吸道感染病人2 029例。病人均来源于烟台和威海地区,其主要临床表现为发热、咳嗽咳痰,伴或不伴胸痛及呼吸困难,查体呼吸音粗糙,伴或不伴干/湿性啰音,胸部X线片或胸部CT扫描等影像学检查提示下呼吸道感染。其中,男性1 179例,女性850例;年龄0~97岁。收集2 029例病人自然咳出的深部痰液标本和246例病人的肺泡灌洗液标本。痰液标本的合格标准:多形核白细胞>25/低倍镜视野(LP),鳞状上皮细胞<100/LP。肺泡灌洗液标本的合格标准:<1%的细胞为鳞状上皮细胞。
1.2 试剂及仪器
LAMP芯片法试剂盒及RTisochipTM-A恒温扩增微流控芯片核酸分析仪均购自北京博奥晶典生物技术有限公司;病原体分离培养所用的试剂及VITEKⅡ-Compact细菌鉴定仪均购自法国梅里埃生物公司。
1.3 检测方法
芯片法 ①核酸提取:痰液经40 g/L的NaOH溶液充分消化,振荡混匀后室温下静置20 min,以13 000 r/min离心5 min,弃上清,向沉淀中加入核酸提取液并吹打混匀。将悬液转移入核酸提取管中,加入玻璃珠,振荡20 min后于95 ℃金属浴放置5 min,离心。②配制核酸反应体系:从冰箱中取出恒温扩增试剂在室温下解冻,轻摇充分混匀后瞬时离心至试剂管管底。吸取20.0 μL恒温扩增试剂,加入34.5 μL被检核酸样品,每份核酸扩增反应体系的总体积为54.5 μL。③芯片加样:打开RTisochipTM-A恒温扩增微流控芯片核酸分析仪,吸取50 μL上述配制好的核酸扩增反应体系,加入到芯片主通道中后运行仪器,结果用相应软件进行分析。④结果判读:每次实验分别设置阴性和阳性对照,实验结果以荧光曲线形式体现,其中扩增曲线呈“S”型即判定为阳性,扩增曲线呈水平直线者即判定为阴性。
1.3.2病原体分离培养 接种培养及菌种鉴定遵循呼吸道病原微生物操作标准(WS/T499-2017)进行,培养后取可疑菌落使用法国梅里埃VITEKII-Compact全自动细菌鉴定仪进行鉴定。
1.4 统计学处理
采用SPSS 22.0软件进行数据的统计处理。计数资料用率表示,组间比较采用卡方检验;两种方法检测结果的一致性分析采用Kappa分析。以P<0.05为差异有统计学意义。
2 结 果
2.1 LAMP芯片法阳性检出率
在痰液标本中,LAMP芯片法检测的总阳性率为57.96%(1 176/2 029)。检出病原体以流感嗜血杆菌为主,阳性率为21.24%(431/2 029);其次为肺炎链球菌以及肺炎支原体,阳性率分别为16.46%(334/2 029)和14.14%(287/2 029);鲍曼不动杆菌、嗜肺军团菌、结核分支杆菌复合群、肺炎衣原体阳性率均较低。在肺泡灌洗液标本中,LAMP芯片法检测的总阳性率为33.33%(82/246)。检出病原体以肺炎支原体为主,阳性率为20.73%(51/246);其次为肺炎链球菌、结核分支杆菌复合群、铜绿假单胞菌,阳性率分别为6.91%(17/246)、4.88%(12/246)、4.77%(11/246);其他病原体阳性率均较低。不同类型标本呼吸道病原体阳性率存在差异。见表1。
2.2 不同性别病人LAMP芯片法检测阳性率比较
在痰液标本中,男性和女性病人检出病原体均以流感嗜血杆菌为主,差异无显著性(P>0.05);女性病人肺炎支原体阳性率显著高于男性病人(χ2=10.228,P
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